メールを受信すると自動的に返信するシステムを立ち上げたいのですが、どのようにすればいいでしょうか？

Unix系のOSであれば、vacationというコマンドを使えば、自動返信できると思います。

#URLはダミー

http://www.hatena.ne.jp

どういう言語が良いのか分かりませんが、Javaで組むのだとすれば James という PureJava のメールサーバを使うと良いです。

http://james.apache.org/

Mailet を継承したクラスを作ってデプロイすると、メールが届いたタイミングで呼び出してくれます。

http://www.ki.rim.or.jp/~kuro/Java/James/James-06-Mailet.html

vpopmail用メールアカウント&メーリングリスト管理システム導入(qmailadmin) - Fedoraで自宅サーバー構築

システムの立ち上げが目的で、プログラムを組みたい訳ではない、

と思いましたので、こちらをご紹介。

よほど柔軟なことをやりたい場合以外は、サーバが使用されている

smptd の機能として実装させる方が楽ではないかと思いました。

sendmail, qmail, postfix のいずれも機能は備えています。

※デフォルトで有効かどうかは別ですが。

サーバにまで手を入れられる、られない、で話が変わってくると

思いますので、そちらの情報を提示された方が目的の情報が

集めやすいと思います。

（smtpd の種類など）

Outlook Express 6 では、不在時に受信したメールに対して、自動的に相手にメールを返信し、不在の通知などを行うことができます。

http://www.rescueme.jp/support/faq/00432.html

また、fmlなどのメーリングリストシステムをうまく使えば、会員制のメール配信システムを比較的簡単に構築することができます。

http://www.fml.org/

メールサーバーによって若干やり方は違いますが、

大抵のメールサーバーは受け取ったメールをプログラムに渡す手段があります。

Postfix manual - aliases(5)

|command

メールは command にパイプされます。空白などの特別な文字を含む コ

マ ンドは二重引用符で括ります。コマンドへの配送の詳細は local(8)

を参照してください。

そのプログラム中で返送処理を行えばよいでしょう。