MOのフォーマットはFAT16ですべき？それともFAT32ですべき？

いつもお世話になっています。
質問は表題の通りなのですが、一応以下詳細です。

私は、自宅でWindows98のパソコンを使い、それとセットでオリンパスの外付けMOドライブ（TURBO MO MINI,2001年発売）を使っています。
一方職場では、WindowsXPのパソコンを使い、それとセットで富士通の外付けMOドライブ（DynaMO,比較的新しいもの）を使っています。
以前、職場で作ったデータを自宅に持ち帰って、ファイルを使おうとしたのですが、自宅のMOドライブでは持ち帰ったMOを読み込めず、うまくいきませんでした。
そこで、その原因が、機器同士の相性問題にあるのか、それとも別の問題なのか探るべく、色々と実験してみました。
すると、どうやら、職場でFAT32でフォーマットしたＭＯは自宅でうまく読み込めるようなのですが、普通のFAT（FAT16）でフォーマットしたＭＯは読み込めないようだ、ということが分かりました。
今まで何のこだわりもなしにFAT16でフォーマットしてきたのですが、今度、FAT32に切り替えようと思います。

そこで、質問なのですが、

（１）ネットで調べてみて、FAT32の方が容量使用効率がいいというのは何となく分かったのですが、仮にFAT32に変えたときに何かデメリットとかあるでしょうか？
また逆に、FAT16のメリットなんかがあれば、参考までに教えてください。

（２）また、よく分からないのですが、「FAT16でフォーマットされたパーティションには、NTFSからアクセスすることができます。しかし、FAT32のパーティションにはNTFSからアクセスすることはできません」という記述を見かけました（http://www.synnex.co.jp/support/faq/hdd.html#14）。こういうデメリットみたいなのは、ＭＯの場合、何か関係あるでしょうか？

以上の点、教えてください。ちなみに、Windows95やマックを今後使う予定はありません。
よろしくお願いします。