ネオジャパンに強制送還されたドモンは、ガンダムファイターとしての適性確認のため、過去の幻影を見せられる。かつてドモンの兄キョウジと父カッシュ博士は、未知なる力をもつ究極のガンダムの開発に携わっていた。そしてついにそのガンダムの完成の日を迎える。しかし、キョウジは己の欲望のために究極のガンダムをデビルガンダムと変え、宇宙を支配しようともくろんでいた。そして彼は実の母を殺害し、地球へ逃亡。その結果、カッシュ博士は無期冷凍刑とされてしまう。ガンダムファイトに優勝すれば、解放を約束されている父のためと、地球に消えた兄の行方を追うために、ドモンはガンダムファイターの道を選ばなければならなかったのだ。
ネオメキシコで何者かに毒針を打たれ、気を失うドモン。犯人はネオメキシコのガンダムファイター、チコ・ロドリゲスだった。彼は、コロニー型ウィルスに冒されている妹ジーナと穏やかに暮らすために、国家が派遣した追っ手や挑戦者を手にかけていた。それを知っていたジーナは、兄にこれ以上罪を犯さないように説得する。それもつかの間、チコは新たな挑戦者としてやってきたチボデーを始末するべく市街へ向かうが、国家の追っ手に捕まりそうになる。
逃れるためには闘うしかないと悟ったチコは覚悟を決めて戦うのだった。
ネオカナダのガンダムファイター、アンドリュー・グラハム。ドモンは、グラハムにネオロシアの情報提供を要請されるが、断ったために隙を狙われレインを人質にとられてしまった。レインを取り戻すためにグラハムのアジトに向かう途中、ドモンはネオロシアチームと出くわし、グラハムとアルゴの因縁の過去を聞かされる。グラハムはかつて最愛の妻をアルゴたち海賊の手によって失っていた。その復讐のため、アルゴを追っていたのだった。
過去３回、ガンダムファイトの優勝経験があるネオイングランドの英雄、ジェントル・チャップマン。彼と闘うためにやってきたドモンは、先に一戦交えたジョルジュから驚愕の話を聞かされる。それは、正々堂々と闘うことで有名なチャップマンが罠を仕掛けて闘いを挑んでくるということだった。真実を確かめるため、ドモンはチャップマンのジョンブルガンダムにガンダムファイトを挑む。
ネオエジプトへやって来たサイ・サイシー。彼は突然、謎の機体から襲撃を受ける。その闘いを見ていたドモンは疑問を抱く。なぜなら今大会のネオエジプト代表のモビルファイター、ファラオガンダム13世は既に破壊されていたからだ。
レインの調査でサイ・サイシーが闘った相手がファラオガンダム11世である事がわかった。しかし搭乗者のダハール・ムハンマドは第4回大会出場者で、サイ・サイシーの祖父に破れ、死亡し、ミイラにされていたはずだった…。
