5大医学誌の要約と
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- Nucleic acids research
- 2013Jan01
- Vol. 41
- issue(Database issue)
BioGPS と MyGeneinfo: オンラインの遺伝子中心の情報の整理
BioGPS and MyGene.info: organizing online, gene-centric information.
- PMID: 23175613
- DOI: 10.1093/nar/gks1114
概要
Abstract
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急速に進化する技術により、研究者はゲノムスケールでデータを簡単に生成できるようになり、これらの技術を使用して生物学的状態を比較することで、通常、候補遺伝子のリストが得られます。その後、研究者は、フォローアップ研究のためにこれらの候補遺伝子に優先順位を付けるという困難な仕事に直面します。数百、おそらく数千のWebベースの遺伝子注釈リソースが利用可能ですが、候補遺伝子リストの各遺伝子のこれらすべての部位を手動でアクセスしてレビューすることはすぐに非実用的になります。BIOGPS(http://biogps.org)は、分散遺伝子注釈リソースを集約するための集中化遺伝子ポータルとして作成され、コミュニティの拡張性とユーザーのカスタマイズ可能性を強調しました。BioGPSは、ユーザーが既知の遺伝子中心のリソースにアクセスするための便利なツールとして、またユーザーに知られていない新しいリソースを発見するメカニズムとして機能します。この記事では、2008年の最初のリリース後に行われたBIOGPSの更新について説明します。機能とデータの最近の追加、およびこのコミュニティインテリジェンスアプリケーションの根底にある堅牢なユーザーアクティビティを要約します。最後に、mygene.info(http://mygene.info)およびBioGPへのプログラムアクセスを提供する関連Webサービスについて説明します。
Fast-evolving technologies have enabled researchers to easily generate data at genome scale, and using these technologies to compare biological states typically results in a list of candidate genes. Researchers are then faced with the daunting task of prioritizing these candidate genes for follow-up studies. There are hundreds, possibly even thousands, of web-based gene annotation resources available, but it quickly becomes impractical to manually access and review all of these sites for each gene in a candidate gene list. BioGPS (http://biogps.org) was created as a centralized gene portal for aggregating distributed gene annotation resources, emphasizing community extensibility and user customizability. BioGPS serves as a convenient tool for users to access known gene-centric resources, as well as a mechanism to discover new resources that were previously unknown to the user. This article describes updates to BioGPS made after its initial release in 2008. We summarize recent additions of features and data, as well as the robust user activity that underlies this community intelligence application. Finally, we describe MyGene.info (http://mygene.info) and related web services that provide programmatic access to BioGPS.
急速に進化する技術により、研究者はゲノムスケールでデータを簡単に生成できるようになり、これらの技術を使用して生物学的状態を比較することで、通常、候補遺伝子のリストが得られます。その後、研究者は、フォローアップ研究のためにこれらの候補遺伝子に優先順位を付けるという困難な仕事に直面します。数百、おそらく数千のWebベースの遺伝子注釈リソースが利用可能ですが、候補遺伝子リストの各遺伝子のこれらすべての部位を手動でアクセスしてレビューすることはすぐに非実用的になります。BIOGPS(http://biogps.org)は、分散遺伝子注釈リソースを集約するための集中化遺伝子ポータルとして作成され、コミュニティの拡張性とユーザーのカスタマイズ可能性を強調しました。BioGPSは、ユーザーが既知の遺伝子中心のリソースにアクセスするための便利なツールとして、またユーザーに知られていない新しいリソースを発見するメカニズムとして機能します。この記事では、2008年の最初のリリース後に行われたBIOGPSの更新について説明します。機能とデータの最近の追加、およびこのコミュニティインテリジェンスアプリケーションの根底にある堅牢なユーザーアクティビティを要約します。最後に、mygene.info(http://mygene.info)およびBioGPへのプログラムアクセスを提供する関連Webサービスについて説明します。
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