周波数を自由にというのはおそらくプリスケーラーを変えて4倍、8倍とかではなくて細かく設定したいという事だと思います。その辺の事をやろうとするとArduinoのライブラリではなくmega328のレジスタを直接触っていかないといけないので、ATMega328のデータシートなどを用意されたほうがいいと思います。 基本的にAVR(Arduinoに使われてるマイコン）のPWMは0からカウンタの上限(255や1023)までカウントするのが1サイクルです。よって周波数はクロック供給元の倍率でしか変えられません。 ここでカウンタ１をモード８というモードに設定するとカウンタの上限をICR1、デューティー(highやLow幅)をOCR1A OCR1Bというレジスタで設定できるようになります。 仮にカウンタの周波数が１MHｚだとすると、ICR1 =100だと100かかって一周するので周波数は10KHz, 1000だと1KHz, 333だと～3KHzになります。Duty(OCR1A,B)の方は常にICR1の設定値が100%になるので常に周波数に応じて修正してやらないといけません。 ちょっと言葉で書いてもややこしいのでこのコードとか参考にしてみてください。 https://sites.google.com/site/scidiy/diy-arduino/variable-frequency-pwm プログラムでは、ボリュームによって周波数やDutyを変えるようになってますが、setup()の所さえ実行されれば設定は完了してるので、あとはがっつり削って狙った周波数にICR1を設定してその値からDutyを計算してOCR1A,Bに入れてオシロで見てみるとわかりやすいと思います。