linuxのコマンドとプログラムは別物です。初心者向けに説明するとすれば・・・ プログラムはコンピューターが行う事を前もって順番に書き並べ、まとめて一つのファイルにしておき、 簡単な操作で後から何度でも同じ作業を行うためのものです。 コマンドはコンピューターに直接命令を一つずつ打ち込み、作業をするものです。 プログラムとは違い、自由度が有りますが、その分知識が必要です。 あと、コマンドとプログラムの違いはグラフィック上で作業するか、文字のみで作業するかの違いです。 なので、コンピューター本体でディスプレーを使う作業か使わない作業かでどちらを使うか決まります。 一般向けに売られているソフトウェアはプログラム（ウェブブラウザやWord、Excelなど画面を使って入力・表示を必要とする。）、 ウェブページのデータが保存されているコンピューター（サーバー）はコマンドが使われています。（ウェブページを表示するのは外部のパソコン、データを保存するのはコマンドで行う。グラフィックはいらない。） なので基本的にはコマンドにプログラム言語を入力できません。 しかし、インプリンタ型のプログラム言語はコマンドで使えます。 一つのファイルにまとめる必要が無いため、コマンドが一つ、一つの命令を読めるからです。 なので、コマンドとプログラムに興味が有るのであれば、インプリンタ型の Ruby、Perl、PHPなどを勉強してみると良いでしょう。 画面操作を行うソフトフェアを造りたければ、Java、C、特にBASICを勉強してみると良いでしょう。