ニコニコ動画に上げられたmp4ファイルは、そのようになりますね。 残念ながらほかの形式に変換しないと見れません。 Craving Explorerなどで、.avi にでも変換すれば見れます。 特にウイルスとかそういうのじゃないと思います。 自分もニコニコ動画でダウンロードしたmp4は全て同じ症状になりました。