ベアトリーチェの正体は金蔵が大昔に島に漂流した金塊を大量に乗せた潜水艦に乗っていた女(1代目)との間にできた娘(2代目)と、さらにその娘と金蔵との近親相姦で生まれた3代目が作中のベアトリーチェ
メイドの紗音(本名は安田紗代)として島で暮らしていました
1代目は2代目ベアトリーチェを産んだ後死亡した
金蔵がゴールドスミスとして金を生み出す魔術が云々の現実の正体で、潜水艦に乗せられていた金を資金として運用したのをベアトリーチェによってもたらされた〜みたいな感じ
2代目は六軒島のクアドリアンに住まう隠し子として匿われていたベアトリーチェ
怪談話の逸話として語られる島の中で度々目撃されたベアトリーチェの影の正体で、散歩中の姿を従者らに目撃された
3代目は先述したように2代目と金蔵との間に生まれた訳ありの生まれ
源次が使用人養成施設の福音の家に連れてゆき右代宮家の使用人として育成されて紗音(ヤス)として(金蔵がまた近親相姦しないように正体を隠す目的)六軒島に再来する
ヤスは多重人格
幼少期に戦人と合って大きくなったら結婚しようみたいな子供ながらの約束をするのですが、ヤスは結婚して子供を作り本当の家族を手に入れることを本気で夢に見ていたので戦人をずっと待っていましたが、待ちきれず紗音として別人格に移り島の外で譲治と恋に落ちてしまう
一族が帰ってきたことで恋の相手を戦人か譲治どちらかに決めなければならないと決心するのだが、親の世代が金蔵の資産を独占しようと殺害を始めて計画がめちゃくちゃになった
この事件からヤスと戦人は一緒に逃亡するのだがヤスは絶望して入水自殺
戦人は溺れて一命は助かるが記憶を失い、その後断片的に事件の記憶を思い出し、それ元にミステリ小説を書く
この小説がゲームとして我々がみているうみねこのなく頃にという魔女や魔法などフィクションが交えられつつも事実が織り込まれた荒唐無稽な事件の正体
こういう細かいところは尺の都合で原作の内容は全て描写できていないためアニメだけ見てもわからない話です