まず｢床まで着く｣くらいって既に異常な世界です｡パッド交換の問題じゃないような気がします｡ マスターシリンダー等を弄ったなら､それはエアーが完全に抜け切れていないんでしょう｡ そのまんまでは非常に危険です｡早めに適切な対応をしましょう｡ ｢マスターバック｣の作動は正常ですか？あと､少し走行すると｢フェード｣してしまうパッドもあります｡床まではどうでも､踏みしろが深くなることもあり得ます｡私も２ヶ月位前に自分で交換しました｡私はフェードして顔が青くなりました｡エア抜きをしてもらい､パッドに当たりが出て元に戻りました｡ どちらにしても､早急に修理して下さいね｡ ｢追記｣ マスターシリンダーは丸ごと交換？それとも､中のゴム類を交換してオーバーホールでしょうか？それによっても考え方も変わりますし｡エンジンを掛けてペダルを踏むといきなり深くなるなら､それはマスターバックが正常に働いているからでしょうね｡ やはり､完全にエアーが抜き切れてないんでしょう｡ 現状を見ないと分かりませんね｡ [更に追記] 何だか､フロントやリヤのピストンって回答がありますが､今回のご質問内容では焦点違いに思います｡ フロントはピストンが戻ってパッド交換が出来たんですよね｡お一人様｢ABS｣ってありますように､マスターを正しくオーバーホールや取り付けをされたのなら､今回の作業内容では｢油圧系のエアー噛み｣と考えるのが普通でしょうね｡なのでピストン･リヤカップまでバラす必要はないでしょう｡