評価が低いかはわかりませんが、売上が低いことは間違いないですね
EP7,8が出る前から漫画・アニメの売上は低かったので、真相が明かされなかったのは大きな要因ではないと思います。
以下は個人的見解ですが、
(1)情報量が多く、ノベルゲー以外には向かない
うみねこは登場キャラが多く、舞台設定も複雑なために漫画やアニメで設定を把握するのはかなり難しいです。
また、作品の性質としても漫画やアニメ向きではなく、結果的に漫画やアニメの評価としてはひぐらしの方が上になったと思います。
(2)キャラの性格、行動原理が把握できない
うみねこは非常にキャラが多く、結果的に一部の主要キャラ以外のキャラ描写が少なくなってしまいました。
また、ひぐらしの場合は真相と同時に、犯人や他のキャラの心理描写を描きましたが、うみねこにはほとんどありませんでした。
結果的にうみねこではキャラの性格や行動原理を把握することが困難になってしまい、キャラへの愛着が湧きにくくなったと思います。サブキャラの多くが人気のあるひぐらしに比べると、その点でも評価が低くなったと思います(ひぐらし人気の大部分はキャラ人気が支えていますし)
(3)難解すぎるストーリー
(1)と被っていますが、うみねこは設定を把握するだけでかなり困難です。また、事件を把握する(現場がどのような状況か、キャラがどのような行動をしているか)のも困難です。
そのため、特に何も考えずにストーリーを楽しみたいというライトな層には向いてなかったと言えます。
特に、EP2は作者も認めているように難解であり、EP2で切ったという人も多いです。
(4)ミステリー作品としての需要のなさ
うみねこはミステリー要素を全面に押し出していますが、多くのミステリー好きはひぐらしの結末を見て去ってしまったか、ひぐらしの結末を知ってうみねこには期待していなかったと思います。
そもそも、ひぐらしの人気が出たのは「仲間を信じて、協力しあって惨劇を打ち破る」というある意味王道のストーリーがウケたからであって、ミステリーとして評価している人は皆無でした(そもそもひぐらしがミステリーとして売られていたことを知らない人が多い)。だから、王道のストーリーを捨てて、ミステリーとして勝負しようとしたうみねこの評価というか人気が低くなってしまうのはしょうがないかと思います。
また、真相が明かされなかった弊害として、
(5)ライトユーザーが真相を得られない
というのもあると思います。
ひぐらしは、大まかな真相が明かされており、残った謎もある程度推理することができます。よって、途中で何かわからないことがあってもネットで調べれば答えを得ることができます。例えば、知恵袋では多くの質問があり、また多くの解答もつきます。
一方、うみねこはほとんど真相が明かされていないので、ネットで調べても答えはほとんど返ってこなかったり、「屈服乙!」とか言われたりします。これではライトユーザーは離れていってしまうと思います。
この辺りが、ひぐらしよりも評価(人気)が低い原因だったんじゃないかと思います。
真相の件についても、多くの人が真相は明かされると考えていたわけで、そういう人たちの期待を裏切ったのは事実ですし、途中でつまづいた人でも真相が明かされてからまた読み直そうと考えていた人もいるわけでそういう人たちの期待も裏切る形になってしまったので、これから評価されるというのはなかなか難しいと思います。
真相を推理していくにしても、キャラの行動原理などの情報があまりにも少なすぎですし、あまりにもストーリーが長すぎると思います。
こういう形で終わらせるのであれば、もっとストーリーを短くして、キャラも絞るべきだったと思います。とりあえずEP5と6はいらなかったと思います。
また、真相は伏せるにしても、作者側の一つの解を示すことは可能だったわけで、それすらしなかったということは、作者に不信感を抱いてしまうのも仕方ないと言えるでしょう。