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Crystal Model Processing Software Using Crystallographic Approaches

software
posted on 2024-04-10, 05:02 authored by Yoyo Hinuma

  Generation of crystal models is an unavoidable part of first-principles calculations and other computational simulations at the atomic level. The author developed a versatile single-file code that can make various models, such as crystallographic conventional cells, supercells, and slab-and-vacuum models, as a one-liner command. Computer-assisted generation of steps-and-terraces and grain boundary models is also possible.

[Program Availability]

Tested on Xeon CPU, CentOS 7.9, Perl 5, phonopy 2.19.1. The program consists of a single file executable in Perl 5, with no external Perl modules. Unix/Linux environment is recommended because the program is executed with arguments on the command line. Some functions require the ability to execute phonopy on the command line. The input files and variables used for the tests are described in the documentation.


Funding

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Japan Society for the Promotion of Science

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New Energy and Industrial Technology Development Organization

History

Corresponding author email address

y.hinuma@aist.go.jp

Title (in Japanese)

結晶学を活用した結晶モデルの処理ソフトウェア「壺車2」

Description (in Japanese)

第一原理計算やその他の原子レベルでの計算シミュレーションにおいて、結晶モデルの生成は避けられない作業である。著者は、結晶学的慣習に基づいた慣用単位胞、スーパーセル、スラブモデルなど、様々まモデルをワンライナーのコマンドで作成できる、汎用性の高い単一ファイルのプログラムを開発した。コンピュータ支援によるステップモデルや粒界モデルの生成も可能である。 [Program Availability] Xeon CPU, CentOS 7.9, Perl 5, phonopy 2.19.1で動作確認。プログラムはPerl 5で実行可能な単一ファイルで構成される。Perlの外部モジュールは使用しない。コマンドラインで引数をつけて実行するため、Unix/Linux環境を推奨する。一部機能はコマンドラインでphonopyを実行できる必要がある。テストに用いた入力ファイルと変数はドキュメントに記載されている。

Manuscript title (in Japanese)

結晶学を活用した結晶モデルの処理ソフトウェア「壺車」の機能

Authors (in Japanese)

日沼洋陽

Copyright

© 2024 National Institute of Advanced Industrial Science and Technology

Usage metrics

    Journal of Computer Chemistry, Japan

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