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CELファイルを開くには

今春、大学院生になったものです。 DNAマイクロアレイデータの解析を情報科学者の方たちと共同研究していて、 彼らが解析したDNAマイクロアレイデータの中にCELファイルがあります。 そこでCELファイルを開きたいのですが、なかなか開けません。 調べてみたところAffymetrix Consoleが必要とのことでダウンロードしてみましたが、system requirementsが合わずうまくいきませんでした。 簡単にCELファイルを開くソフトウェアなどがありましたら、ぜひお教えください。 宜しくお願いします。

みんなの回答

  • Freeuser
  • ベストアンサー率45% (181/399)
回答No.1

こんにちは。 ダウンロードしてもうまく行かなかったのは Affymetrix GeneChip Command Console のことでしょうか?それとも Expression Console?それらは、スキャン後にCELファイルと一緒にでてくるいくつかのファイルと、そのアレイのライブラリファイルが、最低限必要だったとおもいます。 その上、CELファイルの生のデータをみられず、プローブセットにSummarizeした値しか出てこなかったのではと思います(こちらは発現アレイに関してで、SNPアレイとかはあまりよく知りません)。 CELを「開く」、というよりは、中身をTxtファイルとして出力するソフトですが、Affymetrix Power Tools というのがあります。その後の解析では、txtファイルを別のソフトで読み込んだりすることになります。Affymetrixから入手可能です(フリー)。難点というか、慣れていない人にとっては扱いづらい点ですが、Command line で 命令文を書いてやらなくてはなりません。その分、より自由度の高い解析ができるんですけれどもね。 どのアレイの解析を行っていらっしゃるかわかれば、もう少しアドバイスできるかもしれません。

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