外付けハードディスクにWinNTが未対応

単純にWindowsNTはUSB自体が未サポートだからです。

NTではUSBの機器は一切使えません。SP6でも同様です。
Windows95もUSB未サポートですが、95の方にはOSR2に限りUSBサプリメントとかいうUSBが使えるようになるソフト？が配布されていたりしました。NTにUSBサプリメントがあるか知りませんが、サーバーマシンなら安定性を考えて入れないほうがいいでしょう。

どうしても、USBのHDDを使いたければ、98や2000、XPなんかにUSBハードディスクをつないで、ネットワーク共有するのがよいかと。転送速度の問題はありそうですけどね。まあ、サーバーから直でUSB-HDDのデータの読み書きはしないでしょうし、バックアップ目的ならこういう方法もありかと。でも、トラフィックの問題がでるか・・・

WindowsNTなら、USBではなくSCSIなどの接続で探したらいかがでしょう？一般にSCSIは高いですが40GBは2万円を切っているものもあります。

もちろん、SCSIボードを導入する必要がありますが。

マイクロソフトがサポートを終了すると言っているからではないでしょうか。

マイクロソフトがサポートを終了するものをメーカーはサポートできないですから。
それとNTではUSBは正式に対応していなかったような気がします。
SPあてないとダメだったような。
ここら辺は定かじゃないですが
FAT32やNTFS関係のも関係ありますね＾＾

Windows98、Me、2000は対応しているっていうのはこのHDDがFAT32でフォーマットされているからです。

FAT32は９X系のＯＳに対応しているのです。ＮＴはＮＴ専用のフォーマットであるＮＴＦＳしか使えないので、未対応になります。ＸＰや２０００はＮＴより後から出たＮＴ系ＯＳですからＮＴＦＳも認識しますし９Ｘ系からの乗り換えも考慮に入れたＯＳのためＦＡＴ３２をも認識してくれます。ＮＴ全盛の時代はＮＴは９Ｘ系とは別物という確固たる認識がありましたが、２０００以降は９Ｘ系をＮＴ系に統一しようという認識の元開発されているのでこうなります。９８やＭｅがほとんど姿を消せば最初からＮＴＦＳフォーマットの外付けＨＤＤが増えるでしょうけど・・・ＸＰでもＦＡＴ３２が認識できるので、ＨＤＤメーカーはＦＡＴ３２フォーマットの外付けを主流に売るのだと思います。これならＮＴ以外はどのＯＳでも認識できますからね。