PHP＋MySQL 4.1.20における文字化け

お世話になります。
現在、学内に実験的に設置されているサーバーを使って、そこに
「phpMyFAQ（Ver.2.0.3）」を入れて動かそうと試みています。

phpMyFAQのインストールは済んだのですが、いざ使ってみようと思って
カテゴリ追加等をしようとすると、日本語が文字化けして「???????」と
いうような状態になります。

きっと文字コードの設定に問題があり、php.iniやmy.cnf等の設定を変える
必要があるのでしょうが、サーバーは共用利用しているものであり、他の
利用者へ影響が出てしまうため、変更が困難です。
また、私自身がまだphpやMySQLに詳しくないため、どこを改善すればよい
のかがわからずに困っております。（.htaccessをつくっていろいろと記述
してみたりしたのですが、文字化けは解消されていません。）

もし何かアドバイス等ありましたらご教示いただけませんでしょうか。
よろしくお願いいたします。

MySQLのバージョン：4.1.20
PHPのバージョン　：4.3.9

<MySQL>
character_set_client ujis
character_set_connection ujis
character_set_database ujis
character_set_results ujis
character_set_server ujis
character_set_system utf8
character_sets_dir /usr/share/mysql/charsets/

[mbstring]
mbstring.language = Japanese
mbstring.internal_encoding = EUC-JP
mbstring.http_input = auto
mbstring.http_output = SJIS
mbstring.encoding_translation = On
mbstring.detect_order = auto
mbstring.substitute_character = none;