覚書として。

パス指定

httpd.conf などのApacheの設定ファイルの中の PHPIniDirディレクティブの値が最も優先して適用されます。
自分で読ませたいときにはここに書き込むのが一番早いみたいです。
PHPIniDirディレクティブはVirtualHostブロック内には書いてはいけないようなので
ファイル末尾などわかり易い場所に書いておきましょう。
他には環境変数PHPRCに指定する方法などがあるようです。

詳しくはここに書いてあります。
PHP: 設定ファイル - Manual: http://php.net/manual/ja/configuration.file.php

現在指定されているphp.iniの場所

phpinfoを見る

何らかの方法でphpinfo();を実行して見ると書いてあるようです。
ブラウザで開いた場合、 Configuration File (php.ini) Path という行に書いてありました。

php --iniコマンドを使う

php --ini と実行すると読み込まれたiniファイルの一覧とその順序を調べる事ができます。

php_ini_scanned_files()関数で .ini ファイルのリストを取得する事も出来ます。

その他

locate や find でもいいですが、もし仮に複数個あった場合、上の方法で特定してみましょう。