第6回/複製

生物情報科学　第6回 †

(レポート課題は変更するかもしれないので、授業中の指示があるまで提出しないでください。)

遺伝子解析ソフト GeneWeb III を使用して系統樹を作成してみよう。 †

1. ef1a.fst からダウンロードし、linuxhome に保存する。 この配列は、12生物種の伸長因子（elongation factor 1 alpha）のアミノ酸配列である。 ファイル中に各生物種名とIDが記述されている。
2. Genealign を用いて、マルチプルアライメントを行い、その結果を、 ef1a_aln.fst というファイル名で保存する。
3. http://www.gen-info.osaka-u.ac.jp/geneweb3/ にアクセスし、 start ボタンをクリックして GeneWeb III を起動する。

   注意：GeneWeb III 上でのコピー＆ペースト方法

   GeneWeb III 上でのコピー＆ペーストするには、WEBブラウザ間でドラッグ＆ドロップする必要がある。

   （ユーザー側で面倒な設定作業を行えば、通常通りのコピー＆ペースが可能となるが、今回は省略する）

   i. 新規にWEBブラウザをもう１つ開く。

   ii. WEBブラウザのメニューより、「ファイル」ー「開く」でコピーしたいファイルを開き、WEBブラウザ上に表示させる。

   iii. ブラウザ間でドラッグ＆ドロップすることでコピーができる。

4. ef1a_aln.fst を開き、GeneWeb III の左側の画面に ef1a_aln.fst をドラッグ＆ドロップする。
5. 系統樹作成のアルゴリズム（ UPGMA か NJ ）を選択し、 submit ボタンをクリックし計算を依頼する。
6. 系統樹が表示されたら、gif 形式で保存する。
7. 次に、同じ遺伝子の塩基配列を ef1n.fst からダウンロードして、アミノ酸配列と同じように系統樹を作成する。
8. アミノ酸配列の場合と塩基配列の場合とでは、塩基配列の場合の方が、系統関係が明瞭になった。その理由を考えてみよう。

第6回レポート課題 †

(レポート課題は変更するかもしれないので、授業中の指示があるまで提出しないでください)

• 以下のアミノ酸配列と塩基配列の両方の結果を提出する。
  
  • ef1a_aln.fst (アライメント後のデータ)
  • ef1a.gif (系統樹の図)
  • ef1n_aln.fst (アライメント後のデータ)
  • ef1n.gif (系統樹の図)
• アミノ酸配列と塩基配列の系統樹の違いは何によるものか？その理由を考察する。(メール本文、もしくは上記とは別の添付ファイルにて提出)