ダーダネルスでの攻防戦において甚大なダメージを受けたミネルバは、マルマラ海の港で修理、補給作業に入っていた。シンが、ハイネの死の原因を作ったフリーダムとアークエンジェルに怒りをあらわにする一方で、アスランはキラたちが戦場へ出てきた真意を直接問い質そうと、決意していた。彼はミネルバから離れることをタリアに告げると、セイバーを駆ってアークエンジェルの行方を追う。
手掛かりを掴もうと、とある町を訪れるアスラン。そこで彼は、アークエンジェルの元クルーで報道カメラマンのミリアリア・ハウと、偶然再会した。彼女は、アスランのためにアークエンジェルとコンタクトを取ってくれると言うが…そんな二人の動向を、ルナマリアが密かに監視していた。
その頃、別命を受けたシンとレイは、破棄された地球連合側の研究施設の調査へ向かっていた。ところが建物の中を調査中に、レイが原因不明の変調を来してしまう。
一方、アスランはついにキラやカガリと再会を果たしていた。が、これまでに見聞きしてたものが全く異なる以上、彼らの思いはすれ違うばかり。キラは、ラクスがコーディネイターの一団に暗殺されかかったことを語り、アスランを動揺させる。