攻殻機動隊 STAND ALONE COMPLEX

高級料亭で、アンドロイド芸者が外務大臣一行を人質に立て籠もる事件が発生。公安9課・草薙素子率いる攻殻機動隊の制圧で無事救出に成功するが…。

剣菱重工の演習場で、最新型多脚戦車が市街地へ向かって突然暴走を始めた。テロともAIの故障とも判別できないまま、公安9課は現場へ急行する。

旧式のアンドロイド・ジェリが一斉に自殺する事件が発生。原因はウィルス感染と判明するが、1体だけ感染しなかったジェリは、ある男と逃亡していた。

"笑い男事件"を追っていた特捜部の山口は、不穏な秘密を知った直後に事故で死亡。彼から受け取った写真を見たトグサは、あるデバイスの存在に気付く。

インターセプター不正疑惑会見で起こった警視総監暗殺予告は、警察の自作自演ではないかと疑う荒巻。一方、草薙は単独で事件を洗い直すことに。

警視総監暗殺予告当日の会場で、SPの1人がナナオの仕組んだ遅効性ウィルスにより発症。だがウィルスとは無関係の暴走も連発し、混乱は加速する。

幾度もの暗殺計画を奇跡的にくぐり抜けた南米某国の国民的英雄マルセロ。その男が度々極秘裏に来日しているとの情報を受け、9課は調査に乗り出す。

移植手術を受けた少女の心臓が、提供者の承諾を得ていないものであることが判明する。組織的な臓器密売の可能性から、9課は捜査に乗り出す。

ネットマスター、オンバ主宰の"ラッフィングマンルーム"では、笑い男事件をめぐりチャットで推理が展開されていた。彼らは真実にたどり着けるのか。

女性が生皮を剥がされて殺害されるという連続事件が発生。その手口から、バトーは過去の出来事を思い起こす。事件の背後にはある極秘計画の影があった。

電脳閉殻症患者の授産施設が厚生労働省をハッキング。常人離れした手際のよさと厚生省の不自然な反応を不審に思い、荒巻はトグサに潜入捜査を命じる。

天然オイルを入れられていたタチコマ1機が、突如起動。繰り出した街で犬を探す少女を手伝う。さらに道中で拾った"防壁のない電脳"で9課が騒動に。

海上保安庁の先遣隊が、"興国の旅団"に誘拐されて消息不明だった少女エカを発見。その後連絡が途絶えてしまう。9課は捜査のために現場へ向かう。

大富豪の個人投資家横瀬を、中国から来た殺し屋が狙う。情報を得た9課は、横瀬の身辺を固めるべく行動を開始。だが横瀬の正体は謎に包まれていた。

タチコマ達は草薙の態度を不審に思い、近く何らかの処分があるのではと議論を巡らす。彼らは自分たちの身を守るため、ある行動に出るのだが…。

海自への潜入捜査で、バトーは容疑者ザイツェフに接近。ザイツェフはかつて独特の技で一世を風靡した格闘家。バトーは憧れていた人物と決着をつける。

ロンドンで国際テロ対策協議を終えた荒巻と草薙。その後荒巻は昔なじみの勤める銀行で、思わぬ事件に巻き込まれる。草薙は荒巻の救出を図るが…。

荒巻は元同僚の娘から、弟について私的な調査を頼まれる。一方、中国外務次官の暗殺計画を知った9課。犯人に浮上したのは依頼してきた娘の弟だった。

神崎元首相の娘が突然失踪する。9課は北方マフィアによる集団拉致を疑う。ロシアの擁護派として知られる人物の娘を拉致した彼らの思惑とは?

"笑い男事件"の真相を独自に推理するトグサ。厚生労働省の資料捜査にあたる中、"村井ワクチン接種者リスト"が紛失していることに気づく。

笑い男事件の真相を知ると思われる、今来栖尚の確保に全力を挙げる9課。一方草薙は、麻薬取締局強制介入班との激しい戦闘の中、自らおとりになる。

消息不明だった実の兄の生存の知らせを受けた荒巻は、罠とも知らず単身招慰難民居住区へ向かう。一方、草薙にも強制介入班残党の魔の手が忍び寄る。

"笑い男事件"と黒幕の薬島幹事長を結びつける最後の線、セラノゲノミクス。9課が動き出した矢先、青いフードを被った人物が瀬良野社長宅を訪れる。

荒巻は薬島幹事長逮捕のため総理に掛け合うが、既に9課壊滅のシナリオが動き出した後だった。草薙は9課の解散を宣言。メンバーはそれぞれ逃走する。

荒巻は次々と拘束されていく9課のメンバーを救うため奔走。一方、バトーやタチコマ達は多大な犠牲を払いつつも、草薙と共に脱出を図ろうとするが…。

薬島幹事長逮捕の知らせを受け、義憤の念に駆られるトグサ。正義とはいったい何だったのか。トグサは銃を持ち、検察や報道陣のあふれる与党本部へ。