人知れず、世に騒乱と混沌を巻き起こす「覇者の首」とよばれる存在があった。 歴史の変革期に目覚めたその「首」には、手にした者に「天下」を約束する強大な魔力があるという。 時代は幕末。鳥羽・伏見の戦いを経た後も尚、佐幕派と勤皇倒幕派の勢力は均衡を保っていた。 時代の先端を行く国際都市・横濱の地に、一人の剣士の姿があった。 彼の名は秋月耀次郎。霊剣「月涙刀」を有し、彼の首の封印を天命とする「永遠の刺客」と呼ばれる者である。 彼は喧嘩に巻き込まれそうになった子供を助けた事で、「仇討ち」を本懐とする旅芝居一座と出会う。一座の仇敵・中居屋重兵衛、彼が手にする「覇者の首」。そして首を追う耀次郎。 「覇者の首」を巡り、さまざまな人々の思いが交錯する。その思いは、まるで複雑な歯車のように噛み合い、やがて時代を動かし始める。