此処は日本のどこかの風情ある片田舎、霞高原町、通称“霞の里”。 実はこの里には、ある養成学校がある･･･それはなんと「くノ一」養成学校・“私立志能備学園”！！ 全国から「くノ一」となるエリートが集められ、「くノ一」になるべく日々勉強・訓練をしている。 もちろん、里の人たちも養成学校の卒業生。 みんな飛んだり跳ねたり、出たり消えたりと、里全体が大きなカラクリ屋敷の様である。 そんな一風変った里に、一人の女の子と一人の男性が訪れる。 忍者に憧れ“市川電蔵”を師と仰ぎ、念願の“志能備学園”へ入学するためにこの里へやってきた ふつーの女の子・ひまわり。 オレオレ詐欺にあい、借金返済のため訳も解らずこの学校にやってきた新任教師・万里小路ハヤト。 そんな二人が偶然なのか？必然なのか？“霞の里”で巡り会う。 学校の生徒と先生！禁断の恋？！許されぬ愛？！ そんな二人をくノ一候補生・あざみ、しきみ、ヒメジ、ゆすらが影から見つめる･･･。 泣く、怒る、笑う。挫折、努力、成長。 ひまわりは立派な“くノ一”になれるのか？ そして“契り”を交わしたご主人様をお守りすることはできるのか？！